La SNPN gère deux réserves naturelles nationales.
La Réserve naturelle nationale de Camargue
La Réserve nationale de Camargue couvre 13232 hectares. Avec ses paysages uniques et ses espèces remarquables, les richesses de la Camargue sont reconnues à l’échelle internationale. 285 espèces d’oiseaux y sont recensées, et ses habitats lagunaires y sont mieux préservés de la côte méditerranéenne. La SNPN gère depuis 1927 ce joyau au cœur d’une zone humide d’importance mondiale classée Ramsar et réserve de biosphère (Man and Biosphere).
La Réserve naturelle nationale du lac de Grand-Lieu
Le lac de Grand-Lieu est le plus grand lac naturel de plaine français. Ses vastes herbiers flottants, roselières boisées et prairies inondables, constituent un ensemble d’importance internationale pour de nombreuses espèces d’oiseaux comme la spatule blanche ou la guifette moustac. C’est un équilibre fragile que la SNPN préserve en gérant depuis 1985 une réserve qui couvre 2700 hectares.